(一)办公室
建立健全局机关各项规章制度。负责局机关文电运转、会议组织、文秘事务、档案机要、目标督察、新闻发布、对外宣传等机关日常政务、事务工作；承办上级交办的有关事项及人大代表建议和政协委员提案的答复。
(二)人事科
负责局机关及直属单位人事和机构管理工作；负责局机关和直属单位出国人员审查工作；负责有关教育培训工作；指导局属学校、培训中心教育培训工作。
(三)对外开放工作科(挂世贸组织事务科牌子)
承担市对外开放工作领导小组办公室的日常工作；督促检查对外开放政策落实；组织投资环境评价与考核工作；分析研究全市对外开放状况，提出全市对外开放工怍建议，参与协调解决对外开放中的重大问题；管理外国和香港、澳门特别行政区及台湾地区常驻我市商务代表机构的核准业务；研究经济全球化、现代市场体系和现代流通方式的发展趋势，提出对策和建议；负责世贸组织规则的研究、通报和咨询工作；负责反倾销、反补贴、保障措施等涉及进出口公平贸易的相关工作；协调国外对涉及我市出口商品的反倾销、反补贴和保障措施的应诉工作；负责反倾销、反补贴、保障措施等案件对我市产业损害的调查起诉工作；建立产业损害预警机制；指导并协调有关部门和相关中介组织产业安全方面的工作。
(四)政策法规科
负责有关国内外贸易、国际经济合作、外商投资方面的法律、法规、条约的研究、宣传；承办全市重大经贸协议、合同、章程和重大争议案的研究与协调；参与起草南阳市有关国内外贸易、国际经济合作、外商投资方面的管理办法和措施等规范性文件；参与组织国内外贸易和国际经济合作领域中的反垄断调查与取证；承办局行政复议和行政诉讼工作。
(五)规划财务科
编报全市商务工作中长期规划，监测、预测分析运行状况，综合统计、分析、上报全市商务工作各项经济指标运行情况；负责申报和管理有关专项资金经费、行政经费、基建投资等；负责局机关预算管理和日常财务工作；负责局机关和局属事业单位的预算外资金管理；指导、监督局属单位的财务工作；监管局属单位的国有资产。
(六)审计科
负责局属单位财务工作年度审计；负责局属单位负责人任期经济责任制审计和离任审计；负责专项资金、行政经费、基建投资使用情况审计。
(七)投资促进科
分析、研究全市外商投资状况，参与拟订全市利用外资发展战略和中长期发展规划；贯彻国家利用外商投资政策；参与拟订我市鼓励外商投资的办法与措施；负责全市招商引资和投资促进工作；负责组织筛选、发布招商引资项目，建立招商项目库，指导全市招商网络的建设；组织协调全市童大招商活动，指导全市行业招商、专业招商和委托代理招商活动。
(八)外商投资管理科
协调、管理全市外商投资工作；负责限额以上鼓励类外商投资企业和限额以下市级商务部门审批的外商投资企业的设立、合同、章程及变更；负责全市外商投资企业年检工作；负责限额以上、限制类外商投资和涉及配额、许可证管理的外商投资企业及外商投资的先进技术和产品出口企业的审核、上报工作；督促检查外商投资企业执行有关法律、法规、规章和合同、章程情况，协调解决发生的问题’；；指导和管理全市外商投资企业进出口工作；负责外商投资企业鼓励类项目的确认工作；负责外商投资统计与分析；负责省级经济技术开发区的申报工作，协调、指导全市经济技术开发区的管理工作。
(九)对外经济合作科
贯彻执行国家有关对外投资、对外承包工程、劳务输出等法律、法规和规章；拟订本市促进对外经济合作的办法与措施；协调、管理全市对外投资，做好相关服务工作；核准境外投资开办企业(金融类除外)；负责组织、协调对外援助项目和援外资金的申报工作；负责联合国发展系统和政府间双边、多边援助项目的争取和组织实施；负责全市对外经济合作情况统计与分析。
(十)对外贸易科
指导、协调全市商品进出口工作；编报和组织实施进出口商品配额许可证年度计划；负责全市对外贸易进出口业务的统计；指导境内外业务对口的交易会、洽谈会等贸易促进活动；负责国际货运代理企业的资格审核上报工作；负责全市自营进出口企业的资格审核(申报)及年检工作。
(十一)机电产品进出口办公室(挂南阳市机电产品进出口办公室牌子)
贯彻执行国家机电产品进出口管理的政策、措施和相关法律法规，负责研究制定和组织实施全市机电产品进出口中长期发展规划与年度指导性计划及相关措施；负责机电产品出口生产体系建设，负责机电产品出口技术改造项目贷款贴息和研发项目资金申报、验收，会同有关部门做好项目审批、资金管理等相关工作；管理机电产品进口工作；协调审核机电产品阁际招标工作；参与各类引进项日所需进口机电产品的咨询工作；组织机电企业开拓国际市场。
(十二)科技发展和技术贸易科
拟订全市鼓励技术出口的办法和措施；管理技术、高技术产品出口和技术引进工作；负责国家、省有关扶持高技术出口资金和项目的争取；组织实施科技兴贸战略。
(十三)加工贸易管理科
研究国内外加工贸易发展趋势，拟订全市加工贸易发展的总体规划；宣传国内外加工贸易政策，引导加工贸易企业积极开拓国际市场，促进各类企业积极开展加工贸易，扩大进出口；协调加工贸易企业的相关服务工作；核准企业加工贸易项下引进设备项目；指导出口加工区的规划和发展；负责全市加工贸易业务开
展情况的统计与分析。
(十四)市场体系建设科
研究现代市场发展趋势；拟订健全和规范流通领域市场体系的管理办法和规章；协调打破市场垄断、行业垄断和地区封锁的有关工作；研究提出引导国内外资金投向市场体系建设的鼓励性措施，指导城市商业体系建设，推进农村市场体系建设；指导大宗产品批发市场规划工作；规范汽车、建材市场秩序；监督管理拍卖、典当、租赁和1日货流通等特殊流通行业的流通活动。
(十五)市场运行调节科(挂南阳市茧丝绸协调办公室牌子)
贯彻执行国家、省国内贸易政策，研究分析全市内贸流通形势及管理体制的改革；监测市内市场运行和重要商品供求状况，负责市场预测、预警和信息发布；研究提出市场运行和调控方面的重大措施与建议，组织解决市场运行中的有关重大问题；负责重要消费品(肉类、食糖等)储备的管理和市场调控；负责全市茧丝绸行业管理和申报国家茧丝绸发展基金；指导市商业网点开发基金管理办公室业务。
贯彻落实国家、省生猪定点屠宰管理的法规、规章和规定；会同有关部门制订畜禽定点屠宰厂(场)设置规划并负责组织实施；负责定点屠宰厂(场)的验收、年审和标志牌、畜禽产品检验合格证发放与管理工作；负责屠宰管理人员、执法人员、技术人员、肉品质量检验人员的培训、考核、颁证等管理工作；负责屠宰管理、市场禽畜肉品监督检查和执法、稽查工作；管理市畜禽屠宰执法工作；指导对县市区畜禽屠宰管理工作。
(十六)商贸管理科
拟订流通服务业发展战略、行业规划和管理办法；贯彻国家深化流通体制改革政策和优化流通产业结构政策，培育企业集团，扶持中小企业发展，研究营销方式改革，推进流通业态和流通组织创新，组织实施全市有关连锁经营、物流配送、电子商务等现代流通方式；指导工商企业优化供应链管理，管理规范和指导无固定地点销售；负责餐饮业、住宿业的行业管理；指导商贸行业协会工作。
贯彻落实成品油市场管理的有关政策、法规；制订金市成品油发展规划；负责成品油批发、零售企业的经营资格审核与审批工作；监督管理和指导成品油经营企业的经营活动；规范全市成品油流通秩序。
组织实施重要生产资料流通管理，依法审查认定全市报废汽车回收(含拆解)、民用爆破器材、剧毒化学品、旧机动车辆交易等特种商品的经营资格并实施监督管理；负责报废汽车更新与回收(含拆解)、废旧金属回收管理工作；负责全市煤炭经营主体的资格审查认定和运营管理；组织协调煤炭行政执法工作；指导和服务全市特种商品经营活动。
(十七)企业改革办公室
负责局属企业改革改制工作；组织破产企业重组和职工安置工作，组织企业下岗职工开展再就业活动。
(十八)经济技术协作科
研究拟订全市企业经济技术协作的有关措施，编制协作规划；指导全市对外经济技术协作活动；负责引进市外资金的统计与分析。
(十九)信访科
受理来信来访，处理重大信访、稳定案件；承办上级转办和交办的信访稳定案件；督查落实有关单位信访稳定案件的处理结果；综合分析研究信访、稳定情况，排查、化解不稳定因素，建立群体上访等突发性事件处理预案；负责对特殊群体的服务与管理。
(二十)安全保卫科
负责局机关和局属单位的综合治理和安全保卫工作；监管局属企业仓库、大型商场(超市)、铁路专用线、特种压力容器及其它重要物资的安全工作。
(二十一)纪检组(监察室)
负责局机关和局属单位党的纪律检查和行政监察工作；协助局党组抓好党风廉政建设和领导干部廉洁自律工作及纠风工作；受理纪检、监察方面的控告、申诉、来信、来访和举报；查处、审理系统内党员、干部的违纪案件。
(二十二)直属单位党委
负责局机关和局属单位的党务工作；领导、管理局属系统工会、团委、妇联组织工作和统战工作；负责局机关和局属单位的精神文明建设和计划生育工作。
南阳市商务局挂南阳市外商投资管理局牌子。
设置离退休干部工作科。负责局机关离退休干部的日常管理和服务工作；知道局属企事业单位老干部工作。
设置南阳市整顿和规范市场经济秩序领导小组办公室。承担全市整顿和规范市场秩序领导小组日常工作 。
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